자금세탁방지제도는 금융기관 등을 이용한 범죄자금의 세탁행위를 예방함으로써 건전한 금융거래질서를 확립하고 조직범죄, 마약범죄 등 반사회적인 중대범죄의 확산을 방지하기 위해 금융제도, 사법제도 및 국제협력을 연계하는 종합관리시스템을 구축 운영하는 것을 말한다.

금융제도 측면에서 금융회사가 자금세탁 의심이 있는 거래를 인지하여 금융정보분석원에 제공하면 금융정보분석원은 동 정보를 분석하여 위법사항을 관련 금융감독, 사법 및 행정기관 등에 제공하는 내부통제시스템을 구축한다(특정금융거래보고법).

사법제도 측면에서는 자금세탁행위를 범죄행위로 규정하여 처벌하고 관련수익 및 재산을 몰수, 추징한다(범죄수익규제법). 또한 국제협력 차원에서 MOU 체결 등을 통해 국가간 자금세탁 정보의 교환 등 상호협력체계를 구축한다.

금융감독원은 「특정금융거래보고법」에 의거 금융정보분석원(FIU)으로부터 검사권을 위탁받아 금융기관의 자금세탁 관련 법규준수 여부를 점검하고, 그 결과를 금융정보분석원에 통보하는 역할을 수행한다. 2008년 12월 특정금융거래보고법 개정으로 강화된 고객확인 의무제도가 도입되었으며, 공중등협박자금조달금지법이 도입되어 테러자금조달방지를 위한 기본규제가 설정되었다.